Urodził się w Hohenrain (kanton Lucerna). W latach 1857-1861 studiował teologię w Lucernie i Fryburgu Bryzgowijskim. W roku 1861 otrzymał święcenia kapłańskie w Solurze i był kapłanem w Olten. W latach 1866-1877 pełnił obowiązki dyrektora szkoły w Lucernie, a następnie został wybrany proboszczem parafii starokatolickiej w Aarau. F.X. Fischer był pierwszym prezydentem utworzonego w 1891 roku Centralnego Związku Chórów Starokatolickich. Natomiast w latach 1905-1921 był wikarym biskupa. W roku 1910 otrzymał tytuł doktora teologii honoris causa w Bernie. Pełnił urzędy publiczne. Zmarł w Aarau.

Dane biograficzne:

Urs Küry,  Kościół starokatolicki. Historia, nauka, dążenia,  Warszawa 1996, s.645-646

Bibliografia:

Unser Leben ist ein Loblied Gottes,  1869.

Geschichte der christlichen Kirche bearbeitet für höhere Volksschulen,  Lucerna 1872, 1875, ss. 158.

Der katholische Gottesdienst und das katholische Kirchenjahr für höhere Volksschulen dargestellt,  Lucerna 1875, 1876, ss. 106.

Materialien zum Kommunion und Konfirmandenunterricht,  Aarau 1892, ss. 60.

Ursprung, Wesen und Stellung des Christkatholizismus zur römisch-katholischen und protestantischen Kirche,  Aarau 1893, Vortrag, ss. 46.

Abriss der Geschichte der katholischen Pfarrei und Gemeinde Aarau vom Jahre 1803 bis 1897,  Aarau 1900, ss. 120.

[Autor], Geleitworte auf den Lebensweg für Söhne und Töchter der christkatholischen Kirche der Schweiz,  wyd. przez Konferencję Pastoralną Duchownych Chrześcijańskokatolickich, [bez miejsca i roku (ok. 1908 r.)], ss. 48.